По оценке ВВППК, при действующей схеме федерального субсидирования расходов на пользование инфраструктурой затраты 4-х регионов присутствия компании (Нижегородской, Кировской, Владимирской областей и Удмуртии) на организацию пригородного ж/д сообщения составят в 2014 году 2,368 млрд рублей. Если, как планируется, федерация вдвое сократит субсидии на поддержку пригородной инфраструктуры (до 12,5 млрд рублей вместо существующих в настоящее время 25 млрд рублей) и часть затрат по инфраструктуре будет компенсироваться из региональных бюджетов, совокупные расходы регионов-заказчиков ВВППК составят 3,128 млрд рублей.
Начальник Горьковской региональной службы развития пассажирских сообщений и предоставления доступа к инфраструктуре Горьковской железной дороги Сергей Малинин выразил опасение, что регионы в отсутствие федерального субсидирования не смогут самостоятельно профинансировать в нужном объеме пригородные пассажирские перевозки, подлежащие госрегулированию.
